Un 14 de octubre pero de 1998, Boca goleaba 3-0 a Flamengo por la Copa Mercosur. El conjunto dirigido por Carlos Bianchi, jugó como local en cancha de Ferro. Con muchos suplentes, accedió a la segunda fase: los goles fueron marcados por César La Paglia, Diego Cagna y Fernando Navas. El partido fue liquidado en los primeros 45 minutos. En ese momento en el torneo Apertura el xeneize lideraba cómodo y era protagonista en el certamen continental.
El once titular del virrey fue de la siguiente manera: Abbondanzieri; Ibarra, Traverso, Samuel, Matellán; Cagna, Battaglia, Serna, Navas; La Paglia y Giménez. En el segundo tiempo ingresaron Rodolfo “Vasco” Arruabarrena, Juan Román Riquelme y José “Pepe” Basualdo. Además, en el banco estaban Martín Palermo, Jorge Bermúdez y Guillermo Barros Schelotto, entre otros.
La particularidad de este cotejo, fue que se disputó en la cancha de Ferrocarril Oeste. En ese entonces, la Bombonera recibía recitales de música y no hubo arreglo de fechas para dejarla libre. El xeneize compartió grupo con Vélez Sarsfield, Flamengo y Cerro Porteño. Los dos equipos argentinos accedieron a la próxima ronda.
Lamentablemente para el conjunto boquense, quedó eliminado en la siguiente fase con Palmeiras. En la ida cayó por 3-1, mientras que en la vuelta igualaron 1-1. Los brasileños más tarde se consagrarían campeones del certamen. En ese momento la competición era jugada con muchos juveniles del club.
Años después el xeneize sería verdugo de Palmeiras, pero en la competición más importante del continente: la Copa Libertadores. Con Bianchi al mando obtendría las ediciones de 2000 y 2001. También sería campeón del mundo al vencer nada más ni nada menos que al Real Madrid en Japón.