Un 8 de enero pero de 2000, Carlos Bianchi recibía un gran premio a nivel mundial. Fue elegido por la Federación Internacional de Historia y Estadísticas (IFFHS) como el mejor entrenador del mundo del año. Había sido campeón con Boca de la triple corona: Torneo Apertura, Copa Libertadores y Copa Intercontinental. Al año siguiente volvería a ser campeón de América, pero en la final del mundo cayó ante Bayern Munich.
El virrey dirigió al xeneize en tres etapas: de 1998 a 2002, 2003-2004 y 2013-2014. Consiguió 3 Copas Libertadores, dos copas del mundo y 4 torneos locales. Ha sido un emblema del conjunto boquense, con figuras realmente implacables. Algunas figuras fueron Juan Román Riquelme, Martín Palermo, Guillermo Barros Schelotto, Mauricio Serna, Hugo Ibarra, Diego Cagna, Sebastián Battaglia, entre tantos.
Carlos Bianchi también supo conquistar américa y el mundo con Vélez Sársfield, club donde fue jugador y emblema del conjunto de Liniers. Los otros clubes en los cuales dirigió: Stade de Reims y OGC Niza de Francia, As Roma de Italia, Atlético de Madrid de España, Vélez y Boca Juniors. Se retiró de la dirección técnica en el año 2014, luego de su última etapa en el xeneize.
En el 2000 consiguió ganarle la final de la Copa Libertadores a Palmeiras. Lo logró tras vencerlo por penales, y con Diego Armando Maradona en los palcos. Fue una verdadera batalla, que se definió con el tanto de Jorge Bermúdez. A fin de año consiguió una gran epopeya: triunfo 2-1 al Real Madrid de los galácticos, con dos tantos de Martín Palermo.
Al año siguiente la final del certamen continental se la ganó a Cruz Azul de México, también definiendo desde el punto penal. No tuvo la misma suerte para la Copa Intercontinental, ya que cayó 1-0 ante el equipo alemán en tiempo suplementario. En 2003 venció a Santos de Brasil, y más tarde al Milan en Japón.
