El 10 de Diciembre de 2019 la vida de Boca cambió. No por haber conseguido una copa Libertadores, sino porque su máximo ídolo Juan Román Riquelme derrotaba a su enemigo Daniel Angelici en las elecciones del club. A partir de esa fecha hubo un cambio radical en la estructura del armado futbolístico. El director deportivo era Nicolás Burdisso que inmediatamente sabía que no seguiría en sus funciones.
En una charla que brindó a TNT Sports el exmarcador central del club contó como fueron esos días luego del triunfo de Riquelme. Con respecto a ese tema, Burdisso afirmó: “No hablé con nadie de la dirigencia. A la única persona que le entregué los informes del año fue a Jorge Ameal. Le dije que dejaba mi cargo”. El exjugador del club reconoció que no hubo comunicaciones con Juan Román Riquelme.
En estas épocas donde se hacen conocidos los llamados del actual vicepresidente del club uno de los pocos que no recibió ni tuvo ningún llamado fue el ex director deportivo. Ya alejado de todo lo relacionado con Boca, Burdisso reconoció que se fue debido a que había otro proyecto para la institución. La intención era muy distinta al ciclo realizado por él en el ciclo de Daniel Angelici.
Durante su etapa en Boca tomó la decisión de incorporar a Gustavo Alfaro como entrenador del primer equipo. Además de utilizar el scout como principal herramienta para contratar, apeló a la jerarquía. Durante su ciclo llegaron Lisandro López, Eduardo Salvio, Daniele de Rossi como nombres rutilantes pero no pudo obtener la copa Libertadores.
Luego de estar un tiempo retirado de la actividad, volvió a tener trabajo como director deportivo de Fiorentina. Pero durante esa etapa estuvo alejado de los medios de comunicación y decidió tomar un perfil bajo. En una de sus pocas apariciones públicas fue bastante contundente con su ciclo como encargado del fútbol profesional de Boca.
