En Boca se vivieron días complicados, luego del empate ante Newell´s y el conflicto con Carlos Zambrano, Edwin Cardona y Sebastián Villa. En ese sentido, Martín Palermo habló en TyC Sports y realizó pequeñas comparaciones de acuerdo a lo que él vivió dentro del plantel xeneize. De su relación con Juan Román Riquelme afirmó: “Nosotros sabíamos que Boca estaba por encima nuestro y sabíamos convivir, dentro de nuestra forma de llevarnos tratábamos de respetarnos y respetar la camiseta”.
En cuanto a los extranjeros, hizo referencia a las enseñanzas brindadas por Carlos Bianchi. Allí señaló: “Si alguno se caía nosotros lo ayudábamos a que vuelva al grupo, pero ya si pasaba dos veces o más, quedaba afuera, eso era así”. Además apoyó a Sebastián Battaglia y reconoció que no es sencillo estar en su lugar, pero que puede sacar adelante al equipo.
En ese momento, era de público conocimiento que la relación entre Palermo y Riquelme no era la mejor. De todas maneras, el goleador le quitó dramatismo, aseguró que no eran amigos pero el respeto y el cumplir sus compromisos estaban por delante que cualquier otra cosa. Además, contó que cuando fue a España vivió en la casa donde se hospedaba Román.
Una imagen muy particular fue cuando Palermo convirtió ante Arsenal tras un pase del enganche, que se dio vuelta y fue a festejar a otro lado. Allí la cara del titán fue de sorpresa, ya que esperaba el saludo de su compañero. Sin embargo, con el correr de los años avisó que no tiene ningún inconveniente, solamente que no comparten las mismas cosas y no formaron una amistad.
Palermo es director técnico desde 2012, y sueña en algún momento dirigir al xeneize. Por el momento se encuentra en Aldosivi de Mar del Plata, club que lo contrató tras la partida de otro ex Boca, Fernando Gago. El objetivo que tiene es salir de la zona de descenso, ya que el año que viene dos equipos perderán la categoría.